Des chercheurs français sont parvenus à ranimer un virus géant, vieux comme Néandertal, après 30 000 ans passés dans le permafrost sibérien. Explications.
Dans les steppes glacées de Sibérie, une partie du sol ne dégèle jamais. C'est ce que l'on appelle le permafrost ou pergisol. © Samuel Blanc / Biosphoto
Ce pourrait être le début d'un inquiétant film de science-fiction. Une équipe de chercheurs français vient de réveiller un virus géant, assoupi depuis plus de 30 000 ans à 30 mètres de profondeur dans le permafrost de l'extrême nord-est de la Sibérie. Décongelé et placé face à une amibe, ce virus contemporain de l'extinction de Néandertal l'a immédiatement infectée. Avec ses larges dimensions d'1,5 micron de long pour 0,5 micron de diamètre, le micro-organisme, baptisé pithovirus sibericum, en plus d'être le plus ancien virus jamais "ressuscité", constitue aussi le plus gros jamais observé, encore plus imposant que les deux pandoravirus géants découverts par la même équipe l'été dernier. "Quand on l'a vu pour la première fois, avec sa forme ovale, on a cru avoir affaire à un autre pandoravirus. Toutefois, après analyse génomique, on s'est rapidement rendu compte qu'il n'en était rien et que l'on était face à un tout nouveau type viral, portant à trois le nombre des familles de virus géants connues à ce jour", raconte Chantal Abergel du laboratoire information génomique et structurale à l'Institut de microbiologie de la Méditerranée, coauteur de la découverte.
Il faut dire que les virus sont finalement encore assez mal connus. Et, comme on les croyait petits, les plus gros spécimens sont jusqu'ici très largement passés au travers des mailles des filets de la virologie. "D'ailleurs, nous pensons avoir identifié, dans une publication vieille d'une dizaine d'années, un représentant actuel de la famille des pithovirus : même bouchon caractéristique avec son organisation en nid d'abeille fermant la particule, même aspect sur les bords, même type d'action sur les cellules infectées... Sauf, qu'à l'époque, il n'avait pas été identifié comme un virus en raison de sa grande taille", explique Chantal Abergel. Et le nouveau venu bouleverse encore un peu plus les connaissances. Alors que les scientifiques pensaient jusqu'ici que "grande taille" signifiait "grande quantité de gènes", le pithovirus sibericum, plus imposant que les représentants connus de la famille des pandoravirus, possède un patrimoine génétique nettement bien moins fourni : environ 500 gènes contre 2 500. De même, alors que "nombre élevé de gènes" était associé à "plus grande autonomie", le pithovirus, plus pauvre génétiquement, est capable de se multiplier sans entrer dans le noyau de la cellule - l'accès au cytoplasme lui suffit -, alors que les pandoravirus, mieux dotés, en ont impérativement besoin.
Sous la glace, de dangereux agents pathogènes endormis ?
Mais alors pourrait-il être dangereux pour l'homme ? "Non !" répond sans équivoque la scientifique. "La première chose que nous avons fait a été de nous en assurer. Mis en présence de macrophages - ces cellules qui jouent le rôle d'éboueurs dans nos organismes et qui sont aussi celles qui ressemblent le plus aux cellules cibles du pithovirus -, il s'est révélé incapable de les infecter", explique-t-elle. Pourrait-il encore muter et devenir une menace ? "C'est très peu probable car les virus ADN, comme lui, sont extrêmement stables, contrairement aux virus ARN (autre support possible de l'information génétique, NDLR), comme celui du sida ou de la grippe, qui mutent facilement. Ils ont une importante machinerie qui veille à ce que leur ADN reste intact." Pour autant, l'équipe scientifique tire la sonnette d'alarme face aux appétits que suscitent les minerais et les hydrocarbures du Grand Nord, et notamment ceux de la région de Tchoukotka d'où provient le nouveau virus, rendus plus facilement accessibles du fait du réchauffement climatique qui ouvre de nouvelles routes maritimes.
"La découverte suggère que la prospection dans ces zones pourrait ne pas être sans risque, car on ne sait pas ce qu'il peut y avoir dans les profondeurs", souligne Chantal Abergel. Des virus comme la variole, à l'origine de maladies considérées comme éradiquées, pourraient très bien s'y trouver à l'état de dormance. "C'est pourquoi nous pensons qu'avant tout forage, il faut d'abord chercher à savoir ce qu'il y a dans ces couches de permafrost. C'est d'ailleurs ce que l'on se propose de faire, en recensant l'ADN présent dans des échantillons, afin d'élaborer un catalogue de ce qui s'y trouve vraiment, plaide la chercheuse en virologie. Ces zones étant pas ou très peu peuplées, il n'y a pas à proprement parler de risque d'épidémies. Toutefois, les personnes amenées à y travailler pourraient, en l'absence d'un minimum de précautions adaptées, être mises en danger." Précisons que le risque n'est qu'indirectement lié au changement climatique, parce qu'il rend possible des forages, alors que le phénomène de réchauffement, seul, ne provoquera pas, ou avant longtemps, le dégel de ces couches profondes de glaces.
Une autre forme de vie ?
D'un point de vue purement scientifique, l'étude des micro-organismes et des particules inconnus, tel que le pithovirus, a également un intérêt primordial dans la mesure où ils sont susceptibles de nous éclairer sur l'origine de la vie. Toujours si mystérieuse. Aujourd'hui, même si la question est l'objet de vifs débats au sein de la communauté scientifique, les virus ne sont pas considérés comme des organismes vivants, puisqu'ils dépendent toujours d'autres cellules pour se multiplier notamment. Mais alors que sont-ils ? Chantal Abergel se demande s'ils ne seraient pas les témoins d'une autre forme de vie apparue sur Terre et qui aurait perdu la compétition à l'issue de laquelle LUCA (Last Universal Common Ancestor), l'ancêtre commun à tous les êtres vivants actuels, serait sorti vainqueur. "Quand on a découvert les pandoravirus, et maintenant ce pithovirus, on s'est retrouvé face à quelque chose qu'on ne pouvait pas rapprocher d'autres virus connus et donc pas raccrocher à l'arbre du vivant, explique-t-elle. On peut donc parfaitement imaginer qu'à l'origine il y avait non un seul ancêtre, mais un foisonnement de vies. Les virus seraient alors des loosers de la sélection naturelle qui, perdant leur autonomie, auraient été contraints de devenir des parasites pour subsister."
Par CHLOÉ DURAND-PARENTI
Il faut dire que les virus sont finalement encore assez mal connus. Et, comme on les croyait petits, les plus gros spécimens sont jusqu'ici très largement passés au travers des mailles des filets de la virologie. "D'ailleurs, nous pensons avoir identifié, dans une publication vieille d'une dizaine d'années, un représentant actuel de la famille des pithovirus : même bouchon caractéristique avec son organisation en nid d'abeille fermant la particule, même aspect sur les bords, même type d'action sur les cellules infectées... Sauf, qu'à l'époque, il n'avait pas été identifié comme un virus en raison de sa grande taille", explique Chantal Abergel. Et le nouveau venu bouleverse encore un peu plus les connaissances. Alors que les scientifiques pensaient jusqu'ici que "grande taille" signifiait "grande quantité de gènes", le pithovirus sibericum, plus imposant que les représentants connus de la famille des pandoravirus, possède un patrimoine génétique nettement bien moins fourni : environ 500 gènes contre 2 500. De même, alors que "nombre élevé de gènes" était associé à "plus grande autonomie", le pithovirus, plus pauvre génétiquement, est capable de se multiplier sans entrer dans le noyau de la cellule - l'accès au cytoplasme lui suffit -, alors que les pandoravirus, mieux dotés, en ont impérativement besoin.
Sous la glace, de dangereux agents pathogènes endormis ?
Mais alors pourrait-il être dangereux pour l'homme ? "Non !" répond sans équivoque la scientifique. "La première chose que nous avons fait a été de nous en assurer. Mis en présence de macrophages - ces cellules qui jouent le rôle d'éboueurs dans nos organismes et qui sont aussi celles qui ressemblent le plus aux cellules cibles du pithovirus -, il s'est révélé incapable de les infecter", explique-t-elle. Pourrait-il encore muter et devenir une menace ? "C'est très peu probable car les virus ADN, comme lui, sont extrêmement stables, contrairement aux virus ARN (autre support possible de l'information génétique, NDLR), comme celui du sida ou de la grippe, qui mutent facilement. Ils ont une importante machinerie qui veille à ce que leur ADN reste intact." Pour autant, l'équipe scientifique tire la sonnette d'alarme face aux appétits que suscitent les minerais et les hydrocarbures du Grand Nord, et notamment ceux de la région de Tchoukotka d'où provient le nouveau virus, rendus plus facilement accessibles du fait du réchauffement climatique qui ouvre de nouvelles routes maritimes.
"La découverte suggère que la prospection dans ces zones pourrait ne pas être sans risque, car on ne sait pas ce qu'il peut y avoir dans les profondeurs", souligne Chantal Abergel. Des virus comme la variole, à l'origine de maladies considérées comme éradiquées, pourraient très bien s'y trouver à l'état de dormance. "C'est pourquoi nous pensons qu'avant tout forage, il faut d'abord chercher à savoir ce qu'il y a dans ces couches de permafrost. C'est d'ailleurs ce que l'on se propose de faire, en recensant l'ADN présent dans des échantillons, afin d'élaborer un catalogue de ce qui s'y trouve vraiment, plaide la chercheuse en virologie. Ces zones étant pas ou très peu peuplées, il n'y a pas à proprement parler de risque d'épidémies. Toutefois, les personnes amenées à y travailler pourraient, en l'absence d'un minimum de précautions adaptées, être mises en danger." Précisons que le risque n'est qu'indirectement lié au changement climatique, parce qu'il rend possible des forages, alors que le phénomène de réchauffement, seul, ne provoquera pas, ou avant longtemps, le dégel de ces couches profondes de glaces.
Une autre forme de vie ?
D'un point de vue purement scientifique, l'étude des micro-organismes et des particules inconnus, tel que le pithovirus, a également un intérêt primordial dans la mesure où ils sont susceptibles de nous éclairer sur l'origine de la vie. Toujours si mystérieuse. Aujourd'hui, même si la question est l'objet de vifs débats au sein de la communauté scientifique, les virus ne sont pas considérés comme des organismes vivants, puisqu'ils dépendent toujours d'autres cellules pour se multiplier notamment. Mais alors que sont-ils ? Chantal Abergel se demande s'ils ne seraient pas les témoins d'une autre forme de vie apparue sur Terre et qui aurait perdu la compétition à l'issue de laquelle LUCA (Last Universal Common Ancestor), l'ancêtre commun à tous les êtres vivants actuels, serait sorti vainqueur. "Quand on a découvert les pandoravirus, et maintenant ce pithovirus, on s'est retrouvé face à quelque chose qu'on ne pouvait pas rapprocher d'autres virus connus et donc pas raccrocher à l'arbre du vivant, explique-t-elle. On peut donc parfaitement imaginer qu'à l'origine il y avait non un seul ancêtre, mais un foisonnement de vies. Les virus seraient alors des loosers de la sélection naturelle qui, perdant leur autonomie, auraient été contraints de devenir des parasites pour subsister."
Par CHLOÉ DURAND-PARENTI
http://www.lepoint.fr/science/dans-les-sols-geles-des-virus-prehistoriques-inconnus-prets-a-s-eveiller-05-03-2014-1797945_25.php
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